Com a diminuição da frequência de enchentes, as doenças transmitidas pelas águas dessas também ocorrerão menos. Mas os múltiplos e novos usos do rio podem causar a incidência de outros tipos de enfermidades, o que dever ser considerado de grande relevância por poder elevar problemas endêmicos da região.
Isso pode ser controlado através do monitoramento permanente do controle da qualidade da água em toda a bacia, da ampliação do sistema de coleta e tratamento de esgotos, elaboração de programas de saúde e prevenção e tratamento de doenças relacionadas à água.
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